Mention différente de sources trois annexes séparées de mainbuilding, deux dont, le Skevophylakion (le trésor) et le Baptisterion (le Baptistry) se tiennent toujours. Le tiers était le patriarcat, qui a été établi le long du mur méridional de l'église. Aucune de ses ruines n'est demeurée.

Le trésor, récemment excavé par cet auteur, est un nord-est circulaire de bâtiment de Hagia Sophia. Les contreforts construits autour de lui l'ont complètement séparé de l'église. Pendant l'ère de tabouret, une porte a été ajoutée du côté nordique pour permettre son utilisation comme dépôt de dispositions pour l'église. Pendant l'ère bizantine, des reliques sacrées ont été stockées et du pain et du vin saints ont été préparés ici.

Le Baptistry, du côté droit de l'entrée principale de Hagia Sophia, était le baptistry le plus important à Byzance. Le bâtiment est à angle droit sur l'extérieur et octogonal sur l'intérieur, et il a un narthex de son côté occidental. Après que l'église ait été convertie en mosquée, le baptistry a été utilisé pour stocker les huiles pour les lampes d'huile (Kandil) de la mosquée. Plus tard, le récipient de marbre colossal pour le baptismal a été déplacé à la cour nordique, et le baptistry a été converti en mausolée. Le sultan Mustafa I et le sultan Ibrahim ont été enterrés ici.